На счет обновления
 

Почему нельзя делать патч вместо "новой сборки"?

Я администрирую сервер и таким образом произвожу коррекции не только в конфигурационных файлах, но и в html, .java и т.п. "Заменить для всех" вариант совсем не подходящий.

И еще - нужно ли обновлять sql базы при обновлении?

http://winmerge.org/?lang=ru
в помощь

Или как вариант, ExamDiff Pro версия.

Это занимает гораздо больше времени, возможен уникальный подобных подход кому это нужно за доп небольшие денюжки, но все привыкли работать так и мы тем более годами так работаем и лучше делать больше работы, чем тратить время впустую вместо нее, на создания красивых и аккуратных патчей... За то время что патчи будем делать, можно сделать интересные фиксы...

Закрыто, может с Юрием отдельно обсудить данный вопрос.